Η διαμάχη σχετικά με το ζήτημα της φύσης του δικαίου είναι πρωτίστως διαμάχη στο φιλοσοφικό πεδίο, αφορά δηλαδή την ίδια την φιλοσοφία εντός της οποίας αρθρώθηκε η φιλοσοφική ιδέα του φυσικού δικαίου. Η θεωρία του φυσικού δικαίου του Θωμά Ακινάτη ήταν μία μεγάλη καινοτομία σε μία εποχή κατά την οποία ο κόσμος των νομικών παρέμενε υποταγμένος στον νομικό αυγουστινισμό, ο οποίος ήταν προσκολλημένος στην οικουμενική αρμοδιότητα του κανονικού δικαίου και στο δίκαιο του ευαγγελίου. Η μεγάλη λοιπόν καινοτομία του Θωμά Ακινάτη ήταν η στροφή του προς τον κοσμικό χαρακτήρα του δικαίου ή μ’ άλλα λόγια η από-ιεροποίηση του δικαίου, η αναγνώριση δηλαδή του ρόλου του δικαίου το οποίο ασκείται μέσα στον κόσμο, μέσα στην κοινωνία και όχι στην απομόνωση και στην περισυλλογή. Το φυσικό δίκαιο οικοδομείται πάνω στις αρχές του λόγου που είναι αρχές κοινές στον άπιστο και στον χριστιανό και αυτή είναι η μεγάλη κατάφαση της θωμιστικής θεολογίας, η κατάφαση στην αρμοδιότητα του ανθρωπίνου λόγου για την γνώση της επίγειας τάξης μέσω της παρατήρησης των πραγμάτων, σε ένα κόσμο που χαρακτηρίζεται από αρμονία και τάξητων είναι το θεμέλιο του φυσικού δικαίου, το οποίο είναι ακριβώς αυτό που είναι δεδομένο από την φύση, ενώ το θετικό δίκαιο έχει τεθεί από τον θείο η τον ανθρώπινο νόμο και είναι προϊόν συμφωνίας. Και επειδή η φύση των πραγμάτων είναι η ουσία τους ή η πλήρης μορφή τους και τα προϊόντα της φύσης είναι οργανισμοί που κατευθύνονται από ένα πρόγραμμα, έτσι και τα κοινωνικά σύνολα, οι κοινότητες, οι οικογένειες, ο γάμος, αλλά και η πόλις δηλαδή το κράτος δημιουργήθηκαν από ένα φυσικό ένστικτο, από ένα πρόγραμμα που είναι εκεί από την φύση, η οποία κινείται προς κάποιο σκοπό και δεν είναι προϊόν βούλησης. Έτσι λοιπόν, το φυσικό δίκαιο δεν θεμελιώνεται σε ένα σύστημα «κανονιστικών προτάσεων», αλλά μέσα στα πράγματα, στη φύση. Ο Θωμάς Ακινάτης ακολουθεί την παράδοση του κλασσικού φυσικού δικαίου, το οποίο δεν δημιουργήθηκε από αφηρημένες γενικές αρχές, αλλά από συγκεκριμένες δικαιïκές σχέσεις που προκύπτουν από την φύση και από τις ανάγκες της κοινωνικής και πρακτικής ζωής.
Στη θεωρία αυτή του φυσικού δικαίου το φυσικό δίκαιο είναι το σύνολο των σχέσεων που εφαρμόζονται στον άνθρωπο ως σύστημα αιτιότητας πού προέρχεται από την φύση των πραγμάτων και όχι μία έννοια υπερ-ιστορική, υπερ-κοινωνική, υπερ-ηθική και υπερ-θρησκευτική. Πρόκειται λοιπόν για μία ρεαλιστική φιλοσοφία του δικαίου η οποία θεμελιώνεται στο πρωτείο της «πόλεως» ή πολιτικής κοινωνίας και βρίσκεται στον αντίποδα της κανονιστικής θεωρίας του δικαίου της νεώτερης εποχής και κατ’ εξοχήν του Καντ η οποία θεμελιώνεται στο πρωτείο του ατόμου και των φυσικών του δικαιωμάτων.
Η μεγάλη καινοτομία του Θωμά Ακινάτη είναι το δίκαιον το οποίο μέσα από τις σελίδες της Summa Theologiae αναδεικνύεται σε όργανο αρμονίας των κοινωνικών σχέσεων, ως κατ’ εξοχήν κοινωνικό φαινόμενο, συνδεδεμένο στενά με τις κοινωνικές ανάγκες. Η θεωρία του δε του φυσικού δικαίου είναι η συνέχεια της κλασικής φιλοσοφίας του φυσικού δικαίου της αρχαιότητας που σε τελική ανάλυση συνίσταται στην κοινότητα ουσίας ανάμεσα στο δίκαιο και στην «φύση» και στην κατάργηση της αντίθεσης ανάμεσα στη «φύση» και τον νόμο. Όμως ενώ το «νεώτερο» φυσικό δίκαιο στηρίχτηκε αποκλειστικά στην ανθρώπινη φύση ως το σύνολο της ανθρωπότητας με τα χαρακτηριστικά της που είναι η λογικότητα, η αξιοπρέπεια και η ελευθερία, το κλασικό φυσικό δίκαιο στηρίχτηκε στην «φύση» ως κόσμο, ως ολότητα εντός της οποίας η ανθρωπότητα αποτελεί μόνο ένα μέρος της, αναζητώντας τον δεσμό ανάμεσα στην δικαιϊκή πραγματικότητα και την πραγματικότητα συνολικά. Τα βασικά χαρακτηριστικά της θεωρίας του φυσικού δικαίου του Θωμά Ακινάτη είναι η σύζευξη της αριστοτελικής φιλοσοφίας του δικαίου και του χριστιανισμού, η διάκριση δικαίου και νόμου καθώς και η διάκριση δικαίου και ηθικής χάρη στα οποία η θωμιστική φιλοσοφία του δικαίου απετέλεσε την εμπροσθοφυλακή της νεώτερης εποχής, διατηρώντας την ουσία της έννοιας του φυσικού δικαίου που είναι η φιλοσοφική νομιμοποίηση του δικαίου γενικά.